Vanaf eind jaren twintig komt het VHBO steeds meer onder druk te staan. Als gevolg van de economische malaise worden subsidies ingetrokken of gekort en vanuit de beroepsgroep komt steeds meer kritiek op het niveau van de opleiding. Bij pogingen vanuit de BNA (Bond Nederlandse Architecten) om de architectentitel wettelijk te beschermen wordt het VHBO genegeerd. De zeer negatieve recensies over afstudeerprojecten onder de leiding van Duiker in 1925-26, in de geest van het Nieuwe Bouwen, deden daar nog een schepje bovenop. De jaren dertig stonden daardoor in het teken van herbezinning en herstructurering.

Bij het uitbreken van de Tweede Wereldoorlog ontstonden felle discussies over wel of niet doorgaan met lesgeven, wel of niet aansluiten bij de Kultuurkamer. Toen duidelijk werd dat alle burgerlijke bouw stillag, begon men zich te richten op de periode na de oorlog. De polarisatie uit de jaren dertig sloeg om in het zoeken naar samenbindende factoren. Het studentenaantal groeide en zo kon het gebeuren dat de eerste cursus na de oorlog een ongekend groot aantal studenten trok.

Voor het eerst kreeg het VHBO een eigen onderkomen in het voormalig Huiszittenhuis aan het Waterlooplein, nog steeds de locatie van de Academie. Vanaf die tijd wordt gesproken over de Academie van Bouwkunst, een naam die overigens pas in 1965 officieel zou worden.